Knattspyrnufélag Fjarðabyggðar var stofnað árið 2001 utan um rekstur meistaraflokka karla og kvenna þeirra þriggja aðildarfélaga sem að KFF standa. Þau eru Austri Eskifirði, Valur Reyðarfirði og Þróttur Neskaupstað. Fyrstu 3 árin var karlaliðið í 3. deild og komst ávallt í úrslitakeppnina en var slegið út af KFS árið 2001, Fjölni árið 2002 og Leikni R. árið 2003. Árið 2004 tókst svo langþráð markmið, að komast upp í 2. deild eftir að hafa sigrað Núma í 8 liða úrslitum og Reyni Sandgerði í 4 liða úrslitum. Þetta var fyrsta ár Elvar Jónssonar og Heimis Þorsteinssonar sem þjálfarar og heldur betur góð byrjun.

Árið 2005 spilaði svo KFF í 2. deild í fyrsta skipti og náði 4. sæti á fyrsta sumri undir stjórn heimamannana Elvars og Heimis. Í lok árs 2005 var Þorvaldur Örlygsson ráðinn þjálfari liðsins og Elvar Jónsson var honum til aðstoðar. Frábær árangur fylgdi í kjölfarið og sigruðu strákarnir 2. deild sumarið 2006 og ljóst að leikið yrði í 1. deild sumarið 2007. Það sumar náði svo KFF 5. sæti í 1. deildinni sem er aldeilis frábært á fyrsta ári í deildinni.

Þorvaldur réð sig síðan til úrvalsdeildarliðs Fram haustið 2007 og með honum fylgdi einn sterkasti maður KFF Halldór Hermann Jónsson sem alla tíð hafði spilað með Fjarðabyggð. Í kjölfarið fór Jón Gunnar Eysteinsson í úrvalsdeildarlið Keflavíkur eftir að félögin höfðu komist að samkomulagi um það.

Magni Fannberg Magnússon var síðan ráðinn þjálfari liðsins í lok ársins 2007 og Elvar Jónsson aðstoðarþjálfari. Nú liggur leiðin því enn upp á við, margir nýjir leikmenn hafa bæst í hópinn og bjart framundan.

Kvennalið Fjarðabyggðar hefur alla tíð spilað í 1. deild og komust í úrslit árið 2002 þar sem liðið tapaði gegn Haukum. Árið 2008 hefur verið ákveðið að Fjarðabyggð og Leiknir F. tefli fram sameiginlegu liði í 1. deildinni og vonandi tekst það samstarf vel. Þjálfari sumarið 2008 verður Viðar Jónsson.

Árið 2008 var viðburðaríkt hjá KFF. Í júní tók David Hannah við sem aðstoðarþjálfari af Elvari Jónssyni. David tók síðan við sem aðalþjálfari af Magna Fannberg í lok júlí eftir að Magna var sagt upp störfum. Heimir Þorsteinsson stýrði síðan liðinu í lok móts eftir að David ákvað að snúa aftur til Skotlands. Karlaliðið endaði í 9. sæti sumarið 2008 og kvennaliðið í neðsta sæti síns riðils en þar var einnig skipt um þjálfara í upphafi móts þegar Jóhann Ingi Jóhannsson og Kjartan Orri Sigurðsson tóku við liðinu af Viðari Jónssyni.

Í lok árs 2008 voru Heimir Þorsteinsson og Páll Guðlaugsson ráðnir þjálfarar karlaliðs Fjarðabyggðar. Páll mun einnig stýra sameiginlegum 2.flokki Fjarðabyggðar/Leiknis/Hugins árið 2009 og sér hann einnig um æfingar kvennaliðsins fram á vorið. Sveinbjörn Jónasson markahæsti leikmaður Fjarðabyggðar árið 2008 gekk í raðir Grindvíkinga í janúar 2009.

Árið 2009 var fyrsta ár sameiginlegs 2.flokks liðs Fjarðabyggðar/Leiknis og Hugins og gekk samstarfið vel og ágætur árangur náðist. Mfl. kvenna gekk illa sumarið 2009 og unnu ekki leik en úr því verður bætt 2010. Mfl. karla náði sínum besta árangri frá upphafi eða 4. sæti í 1. deild. Sannarlega góður árangur undir stjórn þeirra Heimis Þorsteinssonar og Páls Guðlaugssonar sem endurnýjuðu samninga sína um þjálfun liðsins fram á haustið 2011.